Lebih lanjut, Menhub Budi menyesalkan terjadinya tindakan kekerasan di Sekolah tersebut yang menewaskan taruna, karena Kementerian Perhubungan telah berulang kali menyampaikan peringatan kepada para pengelola sekolah untuk melaksanakan standar prosedur (protap) pengawasan dan pencegahan terjadinya kekerasan di sekolah-sekolah dibawah pembinaan Kementerian Perhubungan. Menhub telah memerintahkan Kepala Badan Sumber Daya Manusia (BPSDM) Perhubungan untuk membentuk tim investigasi internal guna melakukan investigasi mengapa kasus tersebut sampai terjadi lagi. Tim investigasi internal saat ini telah dibentuk dan diketuai oleh Sekretaris BPSDM Perhubungan, Edward Marpaung.
Sebagai tindak lanjut dari kejadian tersebut, Kemenhub juga telah mengambil langkah cepat dengan membebastugaskan Ketua STIP, Capt. Weku F. Karuntu, MM dan menunjuk Pelaksana Tugas Ketua STIP. Keputusan ini diambil untuk mempermudah pelaksanaan tugas tim investigasi internal yang telah dibentuk.
Selanjutnya Kemenhub juga akan bertanggungjawab terhadap seluruh proses mulai dari rumah sakit sampai dengan pemakaman. Kemenhub telah menyerahkan penanganan kasus ini kepada Kepolisian untuk diproses sesuai hukum yang berlaku.
Menhub Budi menginstruksikan kepada Kepala BPSDMP agar lebih meningkatkan pengawasan dan pembinaan baik secara edukasi maupun peningkatan moral taruna-taruni sekolah tinggi di bawah pembinaan Kemenhub untuk mencegah terulangnya kasus ini ke depan.